O Conselho Superior tem a seguinte competência:

• Estabelecer prioridades e linhas gerais orientadoras das atividades da entidade, a partir de proposta apresentada pelo Presidente da CAPES;
• Apreciar a proposta do Plano Nacional de Pós-Graduação, para em seguida ser encaminhada ao Ministro;
• Apreciar critérios, prioridades e procedimentos para a concessão de bolsas de estudos e auxílios;
• Aprovar o relatório anual das atividades da CAPES e a respectiva execução orçamentária;
• Definir o processo de indicação dos Coordenadores das Comissões de Consultores Científicos;
• Apreciar propostas referentes a alterações do Estatuto e do Regimento Interno da CAPES.

Membros natos

• JORGE ALMEIDA GUIMARÃES
  Presidente da Fundação CAPES
• MARIA PAULA DALLARI BUCCI
  Secretária de Educação Superior do MEC
• MARIA DO PILAR LACERDA ALMEIDA E SILVA
  Secretária de Educação Básica do MEC
• CARLOS ALBERTO ARAGÃO CARVALHO FILHO
  Presidente do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - (CNPq)
• LUIS MANUEL REBELO FERNANDES
  Financiadora de Estudos e Projetos do Ministério da Ciência e Tecnologia (Finep/MCT)
• MINISTRO HADIL DA ROCHA VIANNA
  Diretor do Departamento de Cooperação Científica, Técnica e Tecnológica do MRE (DCT/MRE)
• ALAN KARDEC MARTINS BARBIERO
  Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior (Andifes)

Membros designados

Representantes da área acadêmica

• ADALBERTO FAZZIO
  Professor da Universidade de São Paulo (USP)
• WANDERLEY DE SOUZA
  Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
• DIOGO ONOFRE GOMES DE SOUZA
  Professor da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS)
• LUIZ DAVIDOVICH
  Professor da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
• LUIZ HILDEBRANDO PEREIRA DA SILVA
  Professor da Universidade Federal de Rondônia (UNIR)
• OTÁVIO GUILHERME CARDOSO ALVES VELHO
  Professor da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
• RICARDO RENZO BRENTANI
  Presidente da Fundação Antonio Prudente

Representantes do setor produtivo

• ARMANDO DE QUEIROZ MONTEIRO NETO
  Presidente da Confederação Nacional da Indústria (CNI)
• JORGE GERDAU JOHANNPETER
  Presidente do Grupo Gerdau

Representante do Fórum Nacional de Pró-Reitores de Pesquisa e Pós-Graduação

• ANÍSIO BRASILEIRO DE FREITAS DOURADO
  Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)

Representante da Associação Nacional de Pós-Graduandos

• LAURO ISHIKAWA
  

Representante do Conselho Técnico Científico da Educação Superior

• SÉRGIO FRANÇA ADORNO DE ABREU
  

Representante do Conselho Técnico Científico da Educação Básica

• MARIA M. MALTA CAMPOS