O Conselho Superior tem a seguinte competência:

• Estabelecer prioridades e linhas gerais orientadoras das atividades da entidade, a partir de proposta apresentada pelo Presidente da CAPES;
• Apreciar a proposta do Plano Nacional de Pós-Graduação, para em seguida ser encaminhada ao Ministro;
• Apreciar critérios, prioridades e procedimentos para a concessão de bolsas de estudos e auxílios;
• Aprovar o relatório anual das atividades da CAPES e a respectiva execução orçamentária;
• Definir o processo de indicação dos Coordenadores das Comissões de Consultores Científicos;
• Apreciar propostas referentes a alterações do Estatuto e do Regimento Interno da CAPES.

Membros natos

• JORGE ALMEIDA GUIMARÃES
  Presidente da Fundação CAPES
• LUIZ CLÁUDIO COSTA
  Secretário de Educação Superior do MEC
• MARIA DO PILAR LACERDA ALMEIDA E SILVA
  Secretária de Educação Básica do MEC
• MARCIO DE CASTRO SILVA FILHO
  Diretor de Relações Internacionais da Capes (DRI)
• GLAUCIUS OLIVA
  Presidente do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - (CNPq)
• GLAUCO ANTONIO TRUZZI ARBIX
  Financiadora de Estudos e Projetos do Ministério da Ciência e Tecnologia (Finep/MCT)
• EMBAIXADOR BENEDICTO FONSECA FILHO
  Diretor do Departamento de Cooperação Científica, Técnica e Tecnológica do MRE (DCT/MRE)
• JOÃO LUIZ MARTINS (UFOP)
  Associação Nacional dos Dirigentes das Instituições Federais de Ensino Superior (Andifes)

Membros designados

Representantes da área acadêmica

• ADALBERTO FAZZIO
  
• ARLINDO PHILIPPI JUNIOR
  
• JOÃO FERNANDO GOMES DE OLIVEIRA
• NAOMAR MONTEIRO DE ALMEIDA FILHO
  
• LUIZ DAVIDOVICH
  
• OTÁVIO GUILHERME CARDOSO ALVES VELHO
  
• WANDERLEY DE SOUZA
  

Representantes do setor produtivo

• ROBSON BRAGA DE ANDRADE
  
• PAULO ANTONIO SKAF
  

Representante do Fórum Nacional de Pró-Reitores de Pesquisa e Pós-Graduação

• HÉLIO LEÃES HEY

Representante da Associação Nacional de Pós-Graduandos

• ELISÂNGELA LISARDO DE OLIVEIRA
  

Representante do Conselho Técnico Científico da Educação Superior

• RITA DE CÁSSIA BARRADAS BARATA

Representante do Conselho Técnico Científico da Educação Básica