Tendo em vista as diversas realidades e condições de nosso país, a CAPES financia projetos especiais de estudos no Brasil, para que a missão de estimular a formação de recursos humanos de alto nível seja justa e bem-sucedida.

Estes são os programas especiais que a CAPES mantém:

Programa de Bolsa Especial para Doutorado em Pesquisa Médica
Fomentar o desenvolvimento para a formação em pesquisa médica, com a finalidade de estimular a produção acadêmica e a formação de pesquisadores, em nível de doutorado, por meio de financiamento específico, consolidando e ampliando o pensamento crítico estratégico para o desenvolvimento científico do País.

Programa de Apoio ao Ensino e à Pesquisa Científica e Tecnológica em Engenharias
O Pró-Engenharias visa implantar redes de cooperação acadêmica no país na área das Engenharias, possibilitando a produção de pesquisas científicas e tecnológicas e a formação de recursos humanos pós-graduados no tema.

Programa Pró-Equipamentos
Normatiza a apresentação de propostas com o perfil aqui descrito e que visem o suprimento da necessidade de equipamentos destinados à melhoria da infra-estrutura de pesquisa científica e tecnológica nos programas de pós-graduação em todas as áreas do conhecimento, das Instituições Federais de Ensino Superior – IFES.

Programa de Formação de Recursos Humanos em TV Digital
Implantar redes de cooperação acadêmica no país na área de TV Digital, possibilitando a produção de pesquisas científicas e tecnológicas e a formação de recursos humanos pós-graduados no tema.

Observatório da Educação
Estimula o desenvolvimento de estudos e pesquisas em educação, visando estimular a produção acadêmica e a formação de recursos pós-graduados (mestrado e doutorado).

Programa de Apoio à Mobilidade Discente em Pós-Graduação em Ciências do Mar - Pró-Amazônia Azul
O Pró-Amazônia Azul tem por objetivo estimular a formação de doutores em Ciências do Mar, oriundos de regiões onde exista carência de pessoal em pesquisa e formação de recursos humanos nas áreas específicas demandadas, com expectativa de retorno para exercício profissional na sua região de origem.

Programa de Apoio ao Ensino e à Pesquisa Científica e Tecnológica em Defesa Nacional (Pró-Defesa)
Estabelece redes de cooperação acadêmica no país na área de Defesa Nacional.

Programa San Tiago Dantas de Apoio ao Ensino de Relações Internacionais
Desenvolve o ensino de pós-graduação em relações internacionais em instituições públicas.

Programa Nacional de Cooperação Acadêmica (PROCAD)
Incentiva projetos conjuntos de pesquisa de média duração e o intercâmbio científico no país.

Doutorados em Bioinformática e Microeletrônica (BioMicro)
Auxilia o desenvolvimento destas duas áreas específicas, atendendo a solicitação dos participantes do Seminário Nacional Pós-Graduação: Enfrentando Novos Desafios.

Programa de Apoio à Pesquisa em Educação à Distância (PAPED)
Apóia projetos que visem o desenvolvimento da educação presencial e/ou à distância.

Programa de Apoio a Educação Especial (PROESP)
Capacita e qualifica professores para o atendimento às diferenças dos alunos matriculados nas classes comuns da educação infantil, do ensino fundamental, da educação de jovens e adultos, da educação profissional, do ensino médio e da educação superior.

Programa Nacional de Nanotecnologia
Desenvolve ação específica para acelerar as áreas de Nanotecnologia e Nanociência no país.

Projeto de Criação do Centro de Ensino e Pesquisa em Meio Ambiente (CEPEMA/USP)
Apóia a implantação do Cepema, projeto criado pela USP, com sede na cidade de Cubatão-SP.

Projeto Rede Centro-Oeste de Pós-Graduação em Ciências da Saúde e Agronegócios
Financia a implantação dos Programas de Pós-Graduação em Agronegócios e Ciências da Saúde estabelecidos no consórcio UFMS/UFG/UnB.